Стоп-кокцид применяют животным перорально индивидуально с помощью шприца-дозатора. В случае появления осадка емкость с суспензией перед использованием следует тщательно встряхнуть.
В неблагополучных по кокцидиозу хозяйствах для достижения максимального профилактического эффекта и снижения количества ооцист, выделяемых во внешнюю среду, препарат следует назначать восприимчивым животным до появления в стаде первых клинических признаков заболевания.
Убой телят, ягнят и козлят на мясо разрешается не ранее чем через 70 суток, поросят — не ранее чем через 91 сутки после применения Стоп-кокцида. Мясо животных, вынужденно убитых ранее установленных сроков, может быть использовано в корм пушным зверям.